Im Oktober 1999 haben die wissenschaftlich-technischen Verbände ÖWAV, VSA und DWA mit Unterstützung der Internationalen Gewässerkommission für den Bodensee (IGKB) die Gründung der Bodensee-Kläranlagen-Nachbarschaften vollzogen. Der Grundgedanke dabei war, angesichts der hohen Anforderungen an die Abwasserreinigung am Bodensee die Erfahrungen der Praktiker vor Ort für die Optimierung des Betriebs der Abwasseranlagen zu nutzen. Dazu treffen sich die Betriebsleiter der rund um den Bodensee angesiedelten Kläranlagen regelmäßig auf einer der Anlagen, um Erfahrungen für eine optimale Abwasserreinigung gegenseitig auszutauschen, eigene Wissensdefizite auszugleichen und sich über die Maßnahmen zur Sicherung der Gewässergüte des Sees zu informieren.

Seit der Gründung der internationalen Bodensee-Kläranlagen-Nachbarschaften treffen sich die Betriebsleiter der knapp 25 Kläranlagen, die ihr gereinigtes Abwasser direkt in den Bodensee einleiten, einmal jährlich zum Erfahrungsaustausch.

Die fachliche Leitung übernahm in den ersten vier Jahren Herrn Dr. Hans-Peter Zerres (Deutschland). Anschließend wurde die Leitung für vier Jahre auf Herrn Dr. Beat Baumgartner Kanton Thurgau (Schweiz) übertragen. Bis zum Jahr 2010 hatte Herr Dr. Klaus König, Amt der Vorarlberger Landesregierung (Österreich) die Leitung der Nachbarschaft inne.